​Prof. Dr. Nilgün Atakan 1979 yılında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesinden mezun olarak tıp doktoru ünvanı almıştır. Uzmanlık eğitimini 1984 yılında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Deri ve Zührevi Hastalıklar Anabilim Dalında tamamlamıştır.

Aynı fakültede 1987 yılında Doçent, 1995 yılında  Profesör unvanı almış, 2020 yılında kadar Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi, Dermatoloji Anabilim dalında öğretim üyeliği yapmıştır. 

Prof. Dr. Nilgün Atakan 2020 yılından bu yana mesleki çalışmalarını özel kliniğinde sürdürmektedir. 

Prof. Dr. Nilgün Atakan Dermatoimmünoloji ve Alerji Derneği'nin kurucusu ve halen yürütücü başkanıdır. 

​